Innhold
- Etylendiaminetetraacetat for DNA-rensing
- Magneisum Chloride for DNA Amplification
- Etidiumbromid for DNA-farging
Analysen av DNA involverer forskjellige typer molekylære eksperimenter og biologiske prosedyrer. DNA er et skjørt og komplisert råstoff, så håndtering og analyse av det krever den beste kvaliteten og den reneste tilberedningen av kjemikalier. Avhengig av analysen, er hundrevis av kjemikalier, fra sure og basiske løsninger til buffere og fargestoffer, involvert i studien av DNA. Å forstå hvorfor noen kjemikalier brukes er nøkkelen til å utføre vellykkede eksperimenter og oppnå nøyaktige, pålitelige og reproduserbare resultater.
Etylendiaminetetraacetat for DNA-rensing
Tre typer DNA blir renset for vitenskapelig arbeid: DNA fra genomet (genomisk DNA), hele DNAet fra cellen (totalt DNA) eller fra plasmider, som selv kan formere seg. Total celle-DNA-rensing bruker kjemikalier som tillater ødeleggelse av celler mange membraner under cellelysering. Det kjemiske etylendiaminetetraacetatet (EDTA) blir ofte brukt til å fjerne magnesiumioner, som er nødvendige for å opprettholde stivheten til celleveggene, noe som får disse til å svekkes til det punktet at de faller sammen eller river, og frigjør innholdet av celler og DNA for analyse. I tillegg beskytter og bevarer EDTA integriteten til DNA ved å hemme enzymer som normalt er til stede i cellen, noe som kan fragmentere DNAet og gjøre det ubrukelig.
Magneisum Chloride for DNA Amplification
Polymerasekjedereaksjonen (PCR) er en sofistikert analysemetode som brukes til å forsterke flere tusen kopier av et DNA-molekyl, men det er full av tekniske problemer og unøyaktigheter. Mange forskere utfører derfor rutinemessig flere forskjellige sett med PCR for å finne den mest optimale tilstanden og parametrene for et bestemt gen av interesse. Et kjemikalie som brukes til å utføre en slik optimalisering er magnesium, som stabiliserer DNA-polymerase-enzymet som brukes i PCR og fungerer som en essensiell medfaktor for aktiviteten til enzymet. For PCR brukes magnesium i form av en magnesiumkloridbuffer.
Etidiumbromid for DNA-farging
Ethidium bromide er et fargestoff som binder seg til DNA ved å skli inn mellom nukleotidene som utgjør en dobbel dobbelt helix i en prosess kjent som intercalation. Dette fargestoffet kan deretter belyses med en ultrafiolett lampe, slik at det DNA som ethidiumbromidet er bundet til kan visualiseres. Imidlertid er minst 1 nanogram DNA nødvendig for at etidiumbromid skal bli sett riktig, og derfor er det en måte å oppdage PCR-amplifisert DNA på. Selv om det er billig og mye brukt, er det også et mutagent kjemisk stoff som er kjent for å forårsake kreft, så bruken i laboratorier er sterkt regulert og mange forskere går over til å bruke mindre giftige alternativer.