Innhold
Gelelektroforese er en metode som brukes i laboratorier for å måle og sortere DNA-tråder. Det er nødvendig fordi DNA under normale forhold er for lite til å manipulere, selv når det blir sett på de fleste mikroskop. Gelelektroforeselaboratoriet bruker en relativt enkel prosedyre, og den samme grunnleggende teknikken kan også brukes til å skille individuelle proteiner.
Gelmatrisen
For å starte gelelektroforeseprosedyren, må du først lage gelen. Vanligvis lages geler i tynne ark ved bruk av et stoff som kalles agarose. Pulverisert agarose plasseres i en kolbe, etterfulgt av en saltvannsoppløsning kalt en buffer. Denne blandingen av agarose og buffer blir oppvarmet til de to stoffene smelter sammen, og helles deretter i en formform. En enhet som kalles en kam blir deretter plassert i den ene enden av formen før gelen avkjøles. Når gelen er avkjølt, fjernes kammen, og det etterlater små spor som vil bli brukt til å holde DNA-prøver.
Et spesielt kjennetegn på den avkjølte agaroseblandingen (kalt en gelmatrise) stammer fra det faktum at den er laget med saltvann. Når den elektrifiseres, vil matrisen bli ledende, slik at elektrisitet kan strømme langs dens lengde. En annen spesiell egenskap ved gelmatrisen er tilstedeværelsen av vanlige mikroskopiske hull. Disse hullene vil gjøre det mulig for DNA-tråder å reise gjennom gelmatrisen og lette sorteringsprosessen.
Elektroforesiskammeret
Det neste trinnet ditt er å lage et elektroforesiskammer. Dette er en liten rektangulær boks, kablet med en positiv og negativ elektrisk tilkobling i hver ende. Kamre er vanligvis grunne, små nok til å passe på en bordplate, og bygget av klare materialer som Plexiglas.
Saltvannsoppløsningen helles i bunnen av elektroforesiskammeret, og gelmatriksen senkes litt i denne løsningen. Saltvannet har to formål: Å hjelpe strømmen og å holde gelmatrisen fuktig. Siden DNA blir drevet av en negativ ladning, plasser matrisen din slik at prøvene dine vil bli plassert ved siden av den negative elektriske forbindelsen.
Klargjør DNA
Deretter blir DNA-prøver fremstilt. Siden DNA i løsning er alt annet enn umulig å se, tilsettes et fargestoff som kalles en lastebuffer til hver enkelt prøve. Dette middelet tykner også DNA-løsningen, noe som gjør den mindre rennende og mer brukbar. Ved hjelp av en pipette, overfør en prøve av DNA-løsning til hver vekslende spalte i gelmatrisen. I den tomme spalten mellom hver prøve, plasser en løsning av DNA hvis lengde du allerede vet (kalt DNA-standard) for eksperimentkontroll og sammenligning.
Slå på strømmen
Nå, slå på elektroforesiskammeret. Under negativ kraft vil DNA-prøvene dine bli tvunget over kammerets lengde. Små DNA-tråder vil bevege seg raskere gjennom gelmatrisen, og på kort tid vil de skille seg fra lengre, langsommere tråder. Fargestoffet i fargestoffet lar deg følge sporet av DNA. Du vil ikke kunne se individuelle DNA-tråder, men tråder med samme lengde klumper seg sammen.
Avsluttende trinn
Når DNA er sortert, fjernes matrisen fra elektroforesekammeret. DNA blir deretter farget for å muliggjøre enklere måling og undersøkelse.