Strukturen til molekyler er veldig viktig, da dette gir informasjon om hvordan molekylet vil samvirke med andre forbindelser. Formen dikterer forbindelsene frysepunkt, kokepunkt, flyktighet, materietilstand, overflatespenning, viskositet og mer. Det er mye lettere å forstå en sammensatt struktur ved å se den i en 3D-modell. Ulike bindinger har forskjellige vinkler, og de forskjellige elementene i forbindelsen er representert med forskjellige farger. Jo flere elementer og bindinger i en forbindelse, jo mer avansert og komplisert geometri for sammensatt struktur.
Tegn strukturen til det valgte molekylet ved hjelp av Lewis-prikkstrukturen. Lewis-prikkstrukturen viser hovedelementene, antall valenselektroner og hvilke forbindelser som er bundet til den sentrale forbindelsen.
Bestem vinklene som trengs rundt hver hovedforbindelse. En forbindelse som har fire bindinger vil ha bindingene 109,5 grader fra hverandre i et tetraedralt arrangement. Tre bindinger i et trigonalt plan arrangement er atskilt med 120 grader. To bindinger fra hovedforbindelsen er i lineært arrangement og skilles med 180 grader.
Mal Styrofoam-ballene i passende farger. Styrofoam ballene for karbon vil være i samme farge, oksygen Styrofoam baller vil være en annen farge og hydrogen baller en ekstra farge. Jo flere forskjellige elementer i forbindelsen, jo flere farger trengs.
Koble ballene med Popsicle-pinner eller rørrensere. Bruk forbindelsesvinklene til forbindelsen for å få strukturen riktig. Enkeltbindinger krever en rørrenser, dobbeltbindinger to rørrensere og trippelbindinger tre rørrensere. For robuste tilkoblinger, plasser litt lim på endene av rørrensene før du setter dem inn i pyrofoam-kulene.