Innhold
- TL; DR (for lang; ikke lest)
- Hva er elektroforese?
- Utilfredsstillende gelforberedelse
- For mye prøve
- Prøve av dårlig kvalitet
Har du noen gang lurt på hvordan forskere studerer bittesmå fragmenter som DNA-et? En metode er gelelektroforese. Selv om elektroforese vanligvis produserer tydelige, lettleste bånd perfekt for vitenskapelig tolkning, tilslørte data noen ganger dataene.
TL; DR (for lang; ikke lest)
Gelelektroforese lar forskere visualisere fordøyede prøver og måle størrelsen på fragmentene. Smøreresultater fra feil forberedte agarosegeler, laste en ufortynnet prøve i brønnene eller bruke prøver av dårlig kvalitet.
Hva er elektroforese?
Gelelektroforese er en måte for forskere å visualisere fordøyede prøver av små molekyler som DNA og estimere størrelsen på disse fragmentene. For å utføre elektroforese, tilbereder forskere en gel ved å suspendere agarose i kokende vann. Den resulterende polymerisasjonen produserer kryssede sukkerpolymerer, slik at gelen ser ut som en edderkoppbane på det kjemiske nivået.
Forskere bruker et skjæreinstrument for å danne brønner i gelen, slik at de kan legge veldig små mengder fordøyd prøver i brønnene. Ved å slå på maskinen får strøm strøm gjennom gelen, og fragmentene i prøvene begynner å bevege seg fra brønnene til den andre siden av gelen. Siden gelen er nettlignende, reiser mindre fragmenter raskt gjennom matrisen, mens større fragmenter tar lengre tid å klatre gjennom matrisen. Når den er ferdig inneholder gelen mørke bånd som representerer hvor langt forskjellige fragmenter reiste. Forskere måler disse båndene og bruker en logaritmisk beregning for å bestemme størrelsen på hvert fragment basert på hvor langt det vandret.
Forskere håper på klare band, men noen ganger smører bandene. Denne smøringen er vanligvis et resultat av dårlig forberedte geler, lasting av ufortynnede prøver i brønnene eller prøver av dårlig kvalitet.
Utilfredsstillende gelforberedelse
Når det gjelder smurte resultater, er en sannsynlig skyldige en dårlig forberedt gel. En tilfredsstillende gel polymeriserer jevnt, og produserer en jevn matrise gjennom gelen i støpebrettet. Hvis en del av gelen - vanligvis den nedre halvdelen - setter seg før forskeren er ferdig med å helle hele brettet, vil den resulterende gelen være ujevn og gi utsmurte resultater.
For mye prøve
Før prøvene legges i brønnene, må disse prøvene være fortynnet nok til å renne gjennom gelen uten å strømme over brønnene. Hvis en lastet prøve er for konsentrert fordi forskeren glemte å fortynne den eller brukte en feil fortynningsfaktor, vil fragmentene være for store for brønnene og gi smøring.
Prøve av dårlig kvalitet
Utflytning er også resultat av dårlig prøvekvalitet. En DNA-prøve forurenset med protein eller som inneholder for mye salt kan for eksempel gi smøring. Nedbrutte eller denaturerte prøver gir også dårlige resultater, inkludert innsmurte bånd.
Gelelektroforese er en fantastisk måte for forskere å visualisere fordøyede prøver og bestemme fragmentstørrelse. Forsiktig tilberedning av både gelen og prøven minimerer muligheten for å smøre og gir tydelige bånd som er ideelle for vitenskapelig tolkning.