Innhold
DNA
Deoksyribonukleinsyre og proteiner. DNA er organisert i enheter som kalles gener, som hver koder for en bestemt RNA eller proteinsekvens. Gener studeres for å lære om biologisk struktur og funksjon, evolusjon, sykdom og mange andre aspekter ved levende systemer. For å studere gener i detalj må DNA isoleres og renses fra celler av interesse.
DNA-ekstraksjon
Selv om DNA fra en enkelt celle kan trekkes ut og studeres, er det ikke nok å se med det blotte øye. For å få en mengde som er tilstrekkelig for å spole, jo flere celler må du jobbe med, jo bedre (mange millioner).
Eksakte protokoller varierer betydelig for å gjøre rede for de unike egenskapene til spesifikke prøver, men de generelle trinnene er homogenisering, lysering, fordøyelse, separasjon og oppsamling. Prosedyren utføres best i et lite glass eller plastrør (avhengig av størrelsen på prøven).
En prøve blir vanligvis blandet eller malt opp for å skille cellene grundig fra hverandre. Dette gjør cellebestanddelene mer tilgjengelige for reagensene som følger. Vaskemiddel eller enzymer blir deretter tilsatt til homogenatet for å lysere cellemembranene (og kjernefysiske membraner hvis cellene er eukaryote) for å frigjøre DNA. På dette tidspunktet er DNAet omgitt av proteiner, lipider, karbohydrater --- alt annet som var inne i cellene.
En ytterligere enzymatisk fordøyelse kan være nødvendig for å bryte ned proteiner slik at de ikke binder seg til DNA og forstyrrer samlingen av den. DNA skilles fra resten av celleinnholdet ved tilsetning av kald, ren, etyl- eller isopropylalkohol. DNA er ikke løselig i disse alkoholene, så det vil kondensere for å prøve å minimere kontakten med alkoholen. Det kondenserte DNA-et ble deretter samlet, vanligvis ved sentrifugering --- eller spoling.
DNA-spooling
DNA-samling ved spoling er effektiv når en stor mengde DNA oppnås fra en ekstraksjonsprosedyre. Det er også en utmerket demonstrasjonsmetode siden en imponerende floke av rent DNA er tydelig synlig.
For å spole DNA må separasjonstrinnet utføres nøye. Hvis det ikke var en del av lysisreagensblandingen som tidligere ble tilsatt, må en konsentrert saltoppløsning (natriumklorid) tilsettes til løsningen før alkoholtilsetningstrinnet. Den kalde alkoholen helles sakte ned på siden av prøverøret for å danne et lag på toppen av den vandige oppløsningen, og unngå å blande. Hvis det gjøres riktig, vil alkoholen danne sitt eget lag på toppen av det salte laget. Så kommer spolen.
For å samle DNA fra det salte laget, plasser forsiktig en glassrørstang med alkohollaget til det berører bunnen av røret. Snu langsomt stangen mellom fingrene, mens du ser grensesnittet mellom de to lagene. Hvis det er nok DNA, vil det klumpe seg sammen ved grensesnittet mellom lagene for å danne en melke-gjennomskinnelig masse. Snurr stangen for å pakke DNAet rundt den (det er den spolende delen) og trekk den ut av røret. DNAet kan overføres til et annet rør med ren alkohol for lagring eller videre analyse.