Hvordan beregne den katalytiske effektiviteten

Innhold

• Enzym Basics
• Enzymkinetikk
• Ranger konstanter
• Michaelis konstant og enzymeffektivitet

Enzymer er proteiner i biologiske systemer som hjelper med å øke reaksjonene som ellers ville funnet sted langt saktere enn uten hjelp av enzymet. Som sådan er de en slags katalysator. Andre, ikke-biologiske katalysatorer spiller en rolle i industrien og andre steder (for eksempel hjelper kjemiske katalysatorer til forbrenning av bensin for å forbedre kapasiteten til bensindrevne motorer). Enzymer er imidlertid unike i sin mekanisme for katalytisk virkning. De arbeider ved å senke aktiveringsenergien til en reaksjon uten å endre energitilstandene til reaktantene (inngangene til en kjemisk reaksjon) eller produktene (utgangene). I stedet skaper de faktisk en jevnere vei fra reaktanter til produkter ved å senke mengden energi som må "investeres" for å få en "retur" i form av produkter.

Gitt enzymenes rolle og det faktum at mange av disse naturlig forekommende proteiner er blitt valgt til terapeutisk bruk av mennesker (ett eksempel er laktase, enzymet som hjelper fordøyelsen av melkesukker som millioner av menneskers legemer ikke produserer), det er ikke overraskende at biologer har kommet med formelle verktøy for å vurdere hvor godt spesifikke enzymer gjør jobben sin under gitte, kjente forhold - det vil si å bestemme deres katalytiske effektivitet.

Enzym Basics

En viktig egenskap av enzymer er deres spesifisitet. Enzymer tjener generelt til å katalysere bare en av de hundrevis av biokjemiske metabolske reaksjoner som til enhver tid utspiller seg i menneskekroppen. Således kan et gitt enzym betraktes som en lås, og den spesifikke forbindelsen det virker på, kalt et underlag, kan sammenlignes med en nøkkel. Den delen av enzymet som et substrat interagerer med er kjent som det aktive stedet for enzymet.

Enzymer, som alle proteiner, består av lange strenger av aminosyrer, hvorav det er omtrent 20 i menneskelige systemer. De aktive setene for enzymer består derfor vanligvis av aminosyrerester, eller kjemisk ufullstendige biter av en gitt aminosyre, som kan "mangle" et proton eller et annet atom og bærer en netto elektrisk ladning som et resultat.

Enzymer blir kritisk ikke endret i reaksjonene de katalyserer - i hvert fall ikke etter at reaksjonen er over. Men de gjennomgår midlertidige forandringer under selve reaksjonen, en nødvendig funksjon for å la reaksjonen for hånden fortsette. For å bære lås-og-nøkkel-analogien videre, når et substrat "finner" enzymet som kreves for en gitt reaksjon og binder seg til enzymene aktive sete ("nøkkelinnsetting"), gjennomgår enzym-substratkomplekset endringer ("tastevridning" ") som resulterer i utgivelsen av et nydannet produkt.

Enzymkinetikk

Interaksjonen mellom substratet, enzymet og produktet i en gitt reaksjon kan representeres som følger:

E + S ⇌ ES → E + P

Her, E representerer enzymet, S er underlaget, og P er produktet. Dermed kan du se for deg prosessen som løst lignet en klump med modelleringsleire (S) blir en fullstendig formet skål (P) under påvirkning av en menneskelig håndverker (E). Håndverkerne hender kan tenkes å være det aktive stedet for "enzymet" denne personen legemliggjør. Når den oppdelte leiren blir "bundet" til personens hender, danner de et "kompleks" for en tid, der leiren blir støpt til en annen og forhåndsbestemt form av handlingen til hånden den er knyttet til (ES). Når skålen deretter er fullformet og ingen ytterligere arbeid er nødvendig, vil hendene (E) slipp bollen (P), og prosessen er fullført.

Vurder nå pilene i diagrammet over. Du vil merke at trinnet mellom E + S og ES har piler som beveger seg i begge retninger, noe som antyder at akkurat som enzym og substrat kan binde seg sammen for å danne et enzym-substratkompleks, kan dette komplekset dissosiere i den andre retningen for å frigjøre enzymet og dets underlag i sine opprinnelige former.

Den ensrettede pilen mellom ES og Pviser derimot at produktet P går aldri spontant sammen med enzymet som er ansvarlig for dets opprettelse. Dette gir mening i lys av den tidligere nevnte spesifisiteten til enzymer: Hvis et enzym binder seg til et gitt underlag, binder det ikke også til det resulterende produktet, ellers vil enzymet da være spesifikt for to underlag og dermed ikke spesifikt i det hele tatt. Fra et sunn fornuft synspunkt vil det heller ikke være fornuftig for et gitt enzym å gjøre en gitt reaksjon mer gunstig i både retninger; dette vil være som en bil som ruller både oppover og nedover med like letthet.

Ranger konstanter

Tenk på den generelle reaksjonen i forrige seksjon som summen av tre forskjellige konkurrerende reaksjoner, som er:

1) ; E + S → ES 2) ; ES → E + S 3) ; ES → E + P

Hver av disse individuelle reaksjonene har sin egen hastighetskonstant, et mål på hvor raskt en gitt reaksjon går frem. Disse konstanter er spesifikke for spesielle reaksjoner og er eksperimentelt bestemt og verifisert for en mengde forskjellige substrat-pluss-enzym- og enzym-substrat-kompleks-pluss-produktgrupper. De kan skrives på forskjellige måter, men generelt uttrykkes hastighetskonstanten for reaksjon 1) ovenfor k₁, den av 2) som k_-1, og det av 3) som k₂ (dette er noen ganger skrevet k_katt).

Michaelis konstant og enzymeffektivitet

Uten å dykke inn i beregningen som er nødvendig for å utlede noen av ligningene som følger, kan du sannsynligvis se at hastigheten som produktet akkumuleres, v, er en funksjon av hastighetskonstanten for denne reaksjonen, k₂, og konsentrasjonen av ES til stede, uttrykt som. Jo høyere hastighetskonstant og jo mer substrat-enzymkompleks, desto raskere akkumuleres det endelige reaksjonsproduktet. Derfor:

v = k_2

Husk imidlertid at to andre reaksjoner i tillegg til den som skaper produktet P oppstår samtidig. En av disse er dannelsen av ES fra komponentene E og S, mens den andre er den samme reaksjonen i omvendt retning. Å ta all denne informasjonen sammen, og forstå at dannelsen av ES må like sin forsvinningshastighet (ved to motsatte prosesser), har du

k_1 = k_2 + k _ {- 1}

Deler begge begrepene etter k₁ utbytter

= {(k_2 + k _ {- 1}) over {1pt} k_1}

Siden alle "k"termer i denne ligningen er konstanter, de kan kombineres til en enkelt konstant, K_M:

K_M = {(k_2 + k _ {- 1}) over {1pt} k_1}

Dette gjør at ligningen ovenfor kan skrives

= K_M

K_M er kjent som Michaelis-konstanten. Dette kan betraktes som et mål på hvor raskt enzym-substratkomplekset forsvinner via kombinasjonen av å bli ubundet og nytt produkt som dannes.

Går helt tilbake til ligningen for hastigheten på produktdannelse, v = k₂, erstatning gir:

v = Bigg ({k_2 over {1pt} K_M} Bigg)

Uttrykket i parentes, k₂/K_M, er kjent som spesifisitetskonstanten _, _ også kalt kinetisk effektivitet. Etter alt dette irriterende algebraet, har du endelig et uttrykk som vurderer den katalytiske effektiviteten eller enzymeffektiviteten til en gitt reaksjon. Du kan beregne konstanten direkte fra konsentrasjonen av enzym, konsentrasjonen av underlaget og hastigheten på produktdannelse ved å ordne til:

Bigg ({k_2 over {1pt} K_M} Bigg) = {v over {1pt}}