Innhold
Forskere har evnen til å sekvensere DNA-molekylet; med andre ord, de kan bestemme rekkefølgen på nukleotidbaser i et hvilket som helst gitt molekyl. Sekvensering av DNA-molekylet kan være det første av et antall trinn som trengs for å finne ut hvordan de spesifikke nukleotidene i et DNA-molekyl interagerer med hverandre og koder for forskjellige egenskaper i en organisme. Prosessen med å sekvensere DNA er ganske involvert, men automatiske DNA-sekvensere minimerer menneskelig involvering som er nødvendig, i det minste en del av prosessen.
Prøveforberedelse
For at en automatisk DNA-sekvenser skal fungere, må den oppdage de fire nukleotidbasene som utgjør DNA: adenin, guanin, timin og cytosin. Forskere kopierer et stykke DNA mange ganger og bruker restriksjonsenzymer for å skjære DNAet i biter av ulik størrelse. De tilfører deretter en liten mengde fluorescerende merket base til hver DNA-sats. Basen, som enten er adenin, timin, guanin eller cytosin, vil binde seg til dens basekomplement på enden av en streng. For eksempel vil adenin binde seg til tråder som slutter med tymin, og guanin vil binde seg til tråder som slutter med cytosin.
Automatisk konstruksjon av DNA-sekvenser
En automatisk DNA-sequenser er bygd omtrent som en DNA-sequenser som krever mer manuell arbeidskraft. Spesifikt er en automatisk DNA-sekvenser en tank, omtrent 1 fot lang, med 96 gelbrønner som DNA kan helles i. I en automatisk DNA-sequenser, akkurat som i enhver DNA-sequenser, injiseres DNAet i gelbrønnene på toppen av tanken, og en negativ ladning påføres den enden av tanken. Den negative ladningen gir en sterk drivkraft for DNA-strengene til å reise forskjellige avstander, til enden av tanken.
Automatisk injeksjon
En automatisk DNA-sekvenser injiserer mengder DNA, automatisk, i toppen av gelen. Som sådan sparer det forskere enorm tid og krefter. Etter at partiene er injisert, påfører sekvenseren automatisk en negativ ladning i den ene enden av tanken, noe som får strengene til å vandre forskjellige avstander gjennom gelen. De forskjellige avstandene gjenspeiler de forskjellige størrelsene på DNA-tråder som passerer gjennom gelen.
Detector
Mange automatiske DNA-sekvenseringsmaskiner er satt opp for å oppdage lysstofffargen på DNA-strengene som går gjennom gelen. Ved å gjøre det kan de identifisere nukleotidene som er i endene av strengene og registrere dem på datamaskinen. Imidlertid presenterer sequencere, i beste fall, en virvarlig versjon av DNA-nukleotider. Etter å ha brukt en automatisk DNA-sekvenseringsmaskin, må du gå gjennom en prosess som kalles "etterbehandling", der en kombinasjon av datamaskiner og forskere sorterer resultatene fra DNA-strengen som oppdager for å samle dataene til en omfattende beskrivelse av en DNA-streng. Ikke overraskende kan denne prosessen ta mye lenger tid enn selve prosessen med sekvensering.