I følge nettstedet University of Wisconsins BioWeb er en PCR-primer et kort, syntetisk oligonukleotid (vanligvis mellom 18 og 25 baser lang) som brukes til å forsterke spesifikke DNA-regioner i en molekylærbiologisk teknikk kjent som polymerasekjedereaksjon (PCR). Både en forover og bakovergrunning er nødvendig, designet for å være omvendt komplement av DNA-strengen, for å flanke og binde til den ønskede DNA-regionen. Når forskere ønsker å utføre forskning på et spesifikt gen eller region av DNA, må de først utføre PCR for å skaffe seg nok av målregionen å jobbe med. Det kan være nødvendig å designe primersekvenser for regionen av interesse hvis de ikke allerede er tilgjengelige gjennom tidligere publisert forskning eller med kommersielle midler.
Få nukleotidsekvensen til genet eller DNA-regionen av interesse, og bestem hvor lenge et fragment du ønsker å forsterke. Den fremre og bakre primeren er designet for å binde i begynnelsen og på slutten av det ønskede fragmentet. Vanligvis bruker konvensjonelle PCR-metoder primere som flankerer et område mellom 100 til 1.000 basepar lang, mens PCR-metoder i sanntid bruker fragmenter som er omtrent 50 til 200 basepar lange.
Bestem hvor i sekvensen du vil at primerne skal ligge. For eksempel kan det være lurt å plassere nær 5 eller 3 enden av sekvensen eller i midten. Hvis ønskelig, angi stedet for primerne for å spenne over et intron.
Følg de anbefalte retningslinjene for grunnkonstruksjon. Vellykket amplifisering av DNA-produkt avhenger av kvaliteten på primerne og visse variabler er kritiske.
Design primere til å være 18 til 24 baser i lengde. Vincent R. Prezioso, doktorgrad, fra Brinkmann Instruments Inc., antyder at denne lengden er lang nok til å være ekstremt spesifikk for den ønskede DNA-regionen, men kort nok til å binde (annealere) lett. Primer-smeltetemperatur (Tm) skal være mellom 55 til 80 grader Celsius, lav nok til å tillate fullstendig smelting ved eller over 90 grader Celsius, men høy nok til å tillate annealing. GC-innholdet (prosentandel av Gs og Cs i sekvensen) bør være mellom 40 og 60 prosent. 3-enden av primersekvensen bør ende i en C eller en G (kalt en GC-klemme) for å fremme binding, siden G- og C-nukleotidene har sterkere bindinger, men unngå å ha tre eller flere Gs eller Cs i de siste fem basene av sekvensen.
Unngå å kjøre på fire eller flere av en base (som ACCCC ...) eller fire eller flere di-nukleotid-gjentakelser (som ATATATAT ...) fordi de kan forårsake feilprimering.Design primere uten intra-primer-homologi (mer enn tre baser som kompletterer i selve den ene primeren) eller inter-primer-homologi (der den fremre og bakre primeren har komplementerende sekvenser). Dette kan forårsake selvdimerer eller primer-dimerer, der primerne binder seg selv i stedet for å binde seg til den ønskede DNA-sekvensen.
Bruk ressurser og nettsteder på nettet som hjelper til med design av primer eller hjelper til med å sjekke primersekvenser for selvkomplementaritet eller potensialet til å lage sekundære strukturer som hårnåler. Noen nettsteder for primerdesign inkluderer Massachusetts Institute of Technologys Primer3, National Center for Biotechnology Information Primer-Blast og Integrated DNA Technologies OligoAnalyzer.